Az MSZMP 1989. október 6-7-én tartott kongresszusának küldöttei elsöprő többséggel határozatot hoztak a Magyar Szocialista Párt megalakításáról. Az MSZMP-t az év nyarától vezető négyesfogatból nem lépett be a pártba Grósz Károly főtitkár. Németh Miklós miniszterelnök pedig december közepén kilépett a párt elnökségéből, a minisztertanács pedig mint nem egyetlen párt kormánya működött. A pártvezetést Nyers Rezső pártelnök, Pozsgay Imre (államminiszter) és Horn Gyula (külügyminiszter) fémjelezték. Az új párt - amelybe jelentkezni kellett - rövid idő alatt megszerveződött, tagsága még tizedét tette ki a korábbi 7-800 ezres MSZMP taglétszámának.
A párt budapesti listáját Nyers Rezső pártelnök vezette, míg az országos lista első öt helyén Pozsgay Imre államminiszter, Nyers Rezső, Horn Gyula külügyminiszter, Szűrös Mátyás az országgyűlés elnöke és Németh Miklós pártonkívüli miniszterelnök reprezentálta a pártot.

A parlamenti pártok mint a régi rendszer örökösét a ciklus első felében sikerrel tartották politikai karanténban. 1990 májusában Nyers Rezső után Horn Gyulát választották a párt elnökévé, míg ugyanezen év novemberében kilépett a pártból a frakcióvezető Pozsgay Imre. Az időközi választásokon jól szereplő pártnak 1993 folyamán sikerült kitörni a bezártságból, és a szélsőjobbos megnyilvánulások ellen fellépő Demokratikus Charta megmozdulásain közösen lépett fel a vele korábban ellenséges SZDSZ-szel is. 1994 februárjában a párt választási megállapodást kötött a MSZOSZ szocialista-szociáldemokrata platformjával, melynek értelmében több szakszervezeti vezető az MSZP jelöltjeként indult. Hasonló paktumot kötöttek a Baloldali Ifjúsági Társulással is.
A párt budapesti listáját Horn Gyula pártelnök vezette, míg az országos lista első öt helyén Horn Gyula, Nagy Sándor a Magyar Szakszervezetek Országos Szövetségének (MSZOSZ) elnöke, Békesi László korábbi pénzügyminiszter, Gál Zoltán frakcióvezető és Vitányi Iván, a párt országos választmányának elnöke reprezentálta a pártot.

A parlamentben abszolút többséggel rendelkező nagyobbik kormánypárt igen nagy személyi stabilitással működött a ciklus során. Miniszterei ugyan fele részben kicserélődtek, a 209 fős frakcióból azonban mindössze egyetlen képviselő ült át a függetlenek közé. A belső viták elsősorban a Bokros-csomag előkészítetlen meghirdetése és kedvezőtlen társadalmi hatásai körül zajlottak. A pártelnök-miniszterelnök Horn Gyula azonban mindvégig kitartott a stabilizációs politika mellett. A korábbiaknak megfelelően az MSZP adott lehetőséget a BIT jelöltjeinek egyéni és listás jelölésére. Az SZDSZ-el szakító Agrárszövetség a párt választási szövetségese lett, valamint megállapodás köttetett az MSZDP-vel is. Király Zoltán is e párt kereteiben kapott indulási lehetőséget.
A párt budapesti listáját Horn Gyula pártelnök vezette, míg az országos lista első öt helyén Horn Gyula, Gál Zoltán házelnök, Szekeres Imre frakcióvezető, Kovács László külügyminiszter és Kósáné Kovács Magda, a párt ügyvezető alelnöke reprezentálta a pártot.

A választási vereség után lemondott Horn Gyula után az 1998. szeptemberi kongresszuson Kovács Lászlót választották a párt elnökévé. A párt 1999 májusában az "új közép" pártjaként határozta meg önmagát. Az év őszén bevezették a 20%-os kvótát, amely szerint a párt vezető testületeiben biztosítani kell a fiatalok és nők egyötödös képviseletét. A Fidesz politikai és kormányzási módszereivel szemben az MSZP nem találta meg a hatásos ellenszert, sem a médiapolitizálásban, sem a három hetenkéntivé váló parlamenti ülésnapokon. Csaknem fél évig tartott a vereség okozta sokk feldolgozása, a politikai eredménytelenség Kovács László pártelnök fejére hullott vissza. Mire az addig nagyrészt külügyekben magas szintű jártasságot bizonyító Kovács beletanult a belpolitikai és pártelnöki szerepbe, a párt meghatározó csoportjai már nem tartották alkalmasnak arra, hogy az MSZP-t győzelemre vigye, s a következő választáson a párt miniszterelnök-jelöltje legyen.
Hosszú huzavonát jelentett a párton belül a miniszterelnök-jelölt kiválasztása. A posztra sokáig befutónak látszott Németh Miklós, a rendszerváltás időszakának miniszterelnöke, akinek 2000 áprilisában lejárt alelnöki tisztsége a londoni központú Európai Újjáépítési és Fejlesztési Bankban. Németh már 1999 nyarán hosszabb időt töltött itthon, majd végleges hazatérése után még intenzívebben folytatta országjárását. Konzultált a vidéki pártszervezetek vezetőivel, az MSZP-t támogató csoportokkal, de ugyanezt tette Kovács László pártelnök is. Mindketten komoly támogatást tudhattak maguk mögött, többnyire mindenütt bíztatást kaptak, ugyanakkor a vidéki pártvezetők többsége még kivárt. Németh végül túlértékelte támogatottságát, s merész konstrukciót ajánlott a választások tartalmi és szervezeti előkészítésére. Szándéka szerint az általa összeválogatott politikusi és szakértői gárda végezné a választási program összeállítását, a leendő kormányban nem vennének részt a párt elnökségének tagjai, a parlamentben frakció vinné a kidolgozott politikai vonalat, a párt elnöksége pedig "kiszerelné" a kampányt. Ezt az elképzelést a párt döntő többsége túlzott hatalomkoncentrációnak tartotta, s a volt miniszterelnök beszédein is meglátszott a tízéves távollét. Németh két ízben is visszalépett a jelöléstől (2000 ősz, 2001. május), a történtek azonban lehetetlenné tették Kovács László miniszterelnökké jelölését. Kovácsot 2000 novemberében másodszor is pártelnöknek választották, a frakció vezetését tőle 2001 elején Nagy Sándor vette át. Kovács helyett a párt végül a pártonkívüli Medgyessy Pétert, a Horn-kormány utolsó pénzügyminiszterét jelölte, aki meghirdette a "nemzeti közép kormányát" és politikai programját. A választási program középpontjában a szociális, a demokratikus és modernizációs fordulat állott, amelynek politikai alapelveit a Kiss Péter vezette Baloldali Tömörülés platform ajánlotta a párt egésze számára.
A párt választási szövetséget kötött a meghatározó szakszervezeti szövetségekkel, a Baloldali Ifjúsági Társulással (BIT) és az Ifjú Szocialistákkal, utóbbi két szervezetnek listás helyeket is biztosított. Választási együttműködés született a Magyarországi Szociáldemokrata Párttal, s Szabolcs-Szatmár-Bereg megyében két-két egyéni választókerületben közös MSZP-MSZDP jelölt állítására került sor. A korábban pártként működő Agrárszövetség átalakult egyesületté, néhány politikusa részint listákon, részint egyéni kerületekben szerepelt az MSZP színeiben. A kormánykoalíció leváltása érdekében Szombathelyen megállapodás született az SZDSZ helyi szervezetével, két választókerületében a két párt egy-egy jelöltet állított, akik a partnerpártok közös jelöltjeiként szerepeltek.
Az országos lista első öt helyén Medgyessy Péter miniszterelnök-jelölt, Kovács László, Szili Katalin elnökhelyettes, Horn Gyula korábbi pártelnök és Jánosi György a párt országos választmányának elnöke reprezentálta a pártot. A budapesti listát Kovács László pártelnök vezette.

A választási győzelem után a Medgyessy-kormány népszerűsége jelentősen nőtt, elsősorban az első 100 nap programjában tett jóléti és szociális ígéretek teljesítése révén. A gazdaság helyzete minden további, teljesítményfedezet nélküli osztogatást lehetetlenné tett, a párt népszerűsége pedig fokozatosan csökkent. A 2004 júniusában, az Európai Parlament képviselőinek választásán a párt a szavazatok 34,30 százalékát szerezte meg, míg a Fidesz 47,40 százalékos támogatottságot tudhatott maga mögött. A párt tagsága és szimpatizánsi köre látványosan megvonta támogatását a párt vezetésétől, s a koalíciós partner SZDSZ sem támogatta Medgyessy Péter kormányátalakítási terveit.
A pártelnök és a miniszterelnök közötti kapcsolat is megromlott, s a párt vezetése is válságba jutott. 2004. augusztus 19-én az MSZP elnöksége megvonta bizalmát a miniszterelnöktől. A kormányválság miatt kiírt kongresszuson a párt elnöksége Kiss Pétert, a Miniszterelnöki Hivatalt vezető minisztert támogatta, miközben a párt tagsága és a küldöttek körében egyre népszerűbbé vált a mind több politikai elképzeléssel aktivizálódó Gyurcsány Ferenc. A kongresszus végül Gyurcsány Ferencet, a kormány gyermek-, ifjúsági és sportminiszterét támogatta 453:166 arányban. Medgyessy egyidejűleg lemondott miniszterelnöki posztjáról, így 30 napig mint ügyvezető miniszterelnök látta el feladatait. Helyettesítésével szinte azonnal Gyurcsányt bízta meg, aki ezzel egy hónapos felkészülési lehetőséget kapott kormányprogramja kidolgozására.
A párt 2004. októberében megtartott 10. kongresszusán lemondott Kovács László pártelnök, aki 2004. november végétől az Európai Bizottság adó- és vámpolitikai biztosa lett. A párt elnökévé Hiller Istvánt, elnökhelyettesévé Szekeres Imrét, a két addigi alelnököt választották. Kikerült a párt vezetéséből Szili Katalin elnökhelyettes, a parlament elnöke, az elnökség összetételében más érdemi változás nem történt. Szilit a párt 2005. márciusi kongresszusa a köztársasági elnök posztjára jelölte, az SZDSZ frakció támogatása híján azonban nem Szilit, hanem a jobboldal jelöltjét, Sólyom Lászlót választották köztársasági elnöknek.
A párt eme újabb kudarca után 2005. júniusában újabb kongresszusi ülésszakra került sor, ahol - hasonlóan az előző ciklushoz, szokatlanul korán - megválasztották a párt Választási Bizottságát. A bizottság elnöke Gyurcsány Ferenc miniszterelnök lett, s kezdetét vette a kormány "100 lépés" programja, amely jelentős és határozott baloldali politikai irányváltással járt együtt. Ennek következtében 2005 végére az MSZP közvéleménykutatók által mért népszerűsége megközelítette a Fidesz-ét.
A párt önállóan kíván indulni a választásokon, néhány egyéni választókerületben azonban közös jelöltet állít az SZDSZ-el.