A felsőoktatási hallgatók politikailag aktív csoportjainak egy része a szakkollégiumi formában keresett és talált közéleti-politizálási lehetőséget. Radikális képviselőik 1988 március végén megalakították a Fideszt. Az újonnan alakult szervezetek közül a Fidesz volt az első, magát nyíltan politikai szervezetként határozta meg. Célként a politikailag aktív, radikális és reformer ifjúsági csoportok összefogását hirdették meg. Ezzel a Kádár-korszak egyedüli ifjúsági szervezetének, a KISZ-nek kívánt politikai alternatívája lenni. Ifjúsági szervezetként a tagság felső korhatárát 35 évben határozták meg. Kezdetben a politikai küzdelem alapvető terepe a Magyar Ifjúsági Szervezetek Országos Tanácsa (MISZOT) lett, amelyben a két szélső pólust a KISZ és a Fidesz jelentette. A szervezetben nem választottak elnököt, a kollektív vezetést a választmány látta el.

A párt vezetését ügyvivő testület látta el, majd a párt 1993. áprilisi kongresszusán Orbán Viktor frakcióvezetőt választották pártelnökké. Ugyanekkor törölték el a tagfelvétel 35 éves felső korhatárát is. Az év során néhány, az MDF-ből kilépett-kizárt (ott liberálisként számon tartott) képviselő csatlakozott a frakcióhoz. A párt ún. alternatív csoportjának vezetői a konzervatív-tekintélyuralmi váltásra hivatkozva, 1993 őszén kiváltak a pártból. Fodor Gábor korábbi alelnök és további két képviselő (Molnár Péter, Ungár Klára) lemondott mandátumáról, majd 1994 januárjában bejelentették, hogy az SZDSZ jelöltjeként indulnak a választáson.

A párton belüli viták lezárásaként a választások után távozott a pártból Hegedűs István és Szelényi Zsuzsa, akik korábban közvetíteni próbáltak a Fodor Gábor nevével fémjelzett ún. alternatív csoport és a pártvezetés között. Az előző másfél év kilépései után a párt vezetése egységes szemléletűvé vált, és az 1995. április végén megtartott kongresszusán a nevét is megváltoztatta. A Fidesz-Magyar Polgári Párt megnevezéssel nemcsak generációs mivoltával szakított véglegesen, hanem jelezte azt is, hogy a szabadon maradt jobbközép centrumpárt szerepét kívánja betölteni. A jobboldali integráló szerepben 1997 végére jelentős sikereket aratott. A KDNP-ből kiszorult kereszténydemokraták csatlakoztak a párthoz, és ezzel a FIDESZ a legnagyobb parlamenti ellenzéki párttá vált. Itt talált újra politikai szereplési lehetőséget Tölgyessy Péter, az SZDSZ egykori elnöke is, így a párt bízvást számíthatott arra, hogy a kormánykoalícióban csalódott szabaddemokrata szavazók a Fidesz-re voksolnak. Választási szövetséget kötöttek a csökkenő befolyású MDF-fel: 78 egyéni választókerületben közös jelöltet állítanak, ebből 51-et a FIDESZ nevezett meg. Az MDNP-vel a második fordulóra vonatkozó visszalépési megállapodást kötöttek.

A Fidesz 1998-ban 148 képviselővel rendelkezett, így ők alkották a parlament legnagyobb frakcióját. A miniszterelnök Orbán Viktor lett, a párt vezetői közül bekerült a kabinetbe Kövér László (nemzetbiztonsági miniszter), Pokorni Zoltán (oktatási), Deutsch Tamás (ifjúsági- és sport). A többi tárca élén politikusként kevéssé ismert értelmiségiek kerültek (Chikán Attila, Hámori József). Utóbbiak másfél évnyi miniszteri tevékenység után megváltak tárcájuktól.
A párt 1999 májusában megerősítette Orbán Viktort a pártelnöki tisztségben, és az alelnökök személye sem változott. Ehhez képest meglepetésként hatott, mikor az év végén a párt elnöksége felvetette a miniszterelnöki és pártelnöki funkció szétválasztását annak érdekében, hogy a párt érdekei markánsabban jelenhessenek meg. 2000. januárjában a két felvetődött jelölt közül (Áder János, Kövér László) a párt kongresszusa az utóbbi, markánsabb hangot és politikai irányt képviselő politikust választották meg, Orbán Viktornak pedig szavazati jogot biztosítottak a vezető testületekben. Kisebb vihart okozott a párton belül két megyei elnökkel való szakítás: Szabó Gábor (Vas) nyelvvizsgaügye miatt, Helmeczy László (Szabolcs-Szatmár-Bereg) viszont a központi vezetéssel való ellentétei miatt kényszerült távozni a pártból.
2000 őszén a Fidesz kilépett a Liberális Internacionáléból, melynek Orbán Viktor évekig alelnöke volt, és hivatalosan is csatlakozott az európai jobboldalhoz, az Európai Néppárthoz. 2001 márciusában a választások közeledtével taktikai váltás történt a párt élén: Kövér Lászlót Pokorni Zoltán váltotta fel, aki mérsékelt hangvételével a szélesebb közvélemény előtt népszerűbb volt Kövérnél. A párt egyben megváltoztatta önmeghatározását, a szabadelvű jelzőt a polgári néppárt formulára cserélte.
Az MDF békejobbos törekvéseinek kudarca után 2001 nyarán az MDF-el született meg a választási együttműködés a közös lista és közösen támogatott egyéni jelöltekről. Decemberben az akkori legnagyobb roma szervezettel, a Farkas Flórián vezette Lungo Drommal kötöttek választási paktumot (3 országos és 7 megyei listás hely). Ugyancsak Fidesz (+ MDF) színekben indultak az Magyar Kereszténydemokrata Szövetség (MKDSZ) valamint a Turi-Kovács Béla vezette Kisgazda Polgári Egyesület politikusai (14 fő).
A párt országos listáján Orbán Viktor miniszterelnököt Dávid Ibolya, az MDF elnöke, igazságügyminiszter követte, majd Harrach Péter a Magyar Kereszténydemokrata Szövetség elnöke következett, azután pedig Pokorni Zoltán és Áder János az országgyűlés elnöke. A fővárosi listát Pokorni Zoltán pártelnök vezette.